L’incendie provoqué par la foudre en 1705 et le tremblement de terre de Lisbonne en 1755 constituent les événements les plus importants de ceux qui affectent la structure de la Cathédrale au 18e siècle.
La restauration ultérieure, nécessaire afin de renforcer cette structure, et les traces que les deux événements on laissées (lézardes, étayage, cerclages, etc.) font aujourd’hui partie de l’histoire et de l’architecture des Cathédrales et de leurs tours.
Selon le récit d’un témoin de l’incendie de 1705 : pendant une tempête, la foudre tomba sur la partie supérieure de la flèche de la tour et y mit le feu, celle-ci étant faite de bois et de plomb… réduisit en cendres toute la flèche, les sols en bois de la tour et les moutons de toutes les cloches. La cloche de l’horloge tomba sur la place et se brisa en de nombreux morceaux ; une partie du clocheton et une petite cloche fondirent. Les petites cloches, et même la grande, finirent dans les creux des murs de la tour… bien qu’il ne se produisit aucun malheur pour aucune des personnes des nombreux états qui accouraient pour participer aux secours…
Le Chapitre et la Mairie sont d’accord sur la nécessité de réparer la Tour des Cloches. Toutes les institutions apportent leur aide à la Cathédrale, une contribution qui s’ajoute aux innombrables aumônes des particuliers. Le 11 novembre, les travaux de réparation de la tour étaient déjà achevés, mais la rareté des ressources économiques a reporté la conclusion de la nouvelle finition de la tour à 1710. Peu de temps après, le poids excessif de la finition baroque a entraîné la détérioration du fût roman. Ces problèmes structurels s’aggraveraient plus tard du fait du tremblement de terre de Lisbonne, le 1er novembre 1755, qui a laissé de grandes lézardes sur la Tour des Cloches.
Le tremblement de terre du samedi 1er novembre 1755, fête de la Toussaint, survenu à l’heure de la grand-messe, a eu un impact énorme à l’époque, car il a fait plusieurs milliers de victimes au Portugal, en Espagne et dans le Nord de l’Afrique, sans compter des dommages économiques considérables. Il a été ressenti dans toute la Péninsule Ibérique, de même qu’à certains endroits du reste de l’Europe Occidentale et même en Amérique. Ses effets se sont également fait sentir dans les îles de l’Atlantique, comme par exemple au Cap Vert, aux Açores, à Madère et aux Canaries. On l’appelle «tremblement de terre de Lisbonne» car c’est cette ville qui a été la plus touchée par le séisme. L’épicentre était en pleine mer, ce qui a provoqué un gigantesque tsunami qui a ravagé les côtes du sud-ouest péninsulaire et a tué davantage de personnes que le tremblement de terre lui-même. Plusieurs secousses se sont produites dans la matinée le 1er novembre 1755. Leur durée a été de 120 secondes et l’intensité maximum atteinte a été de 9 sur l’échelle de Richter. Rien qu’à Lisbonne, on a dénombré plus de 50.000 victimes mortelles imputables au tremblement de terre et au tsunami qui a suivi ce dernier, mais aussi aux conséquences d’un énorme incendie qui a ravagé la ville. Le tsunami a dévasté les côtes portugaises et la zone du Golfe de Cadix, ville dont les pans des remparts ont été détruits par une mer capable de déplacer des blocs de pierre de 8 à 10 tonnes.
Le Juge de Paix de Salamanque informait ce même 1er novembre le Gouverneur du Conseil des effets du tremblement de terre de Lisbonne à Salamanque : « …il s’est produit dans cette ville un tremblement de terre dont la durée a été de 6 ou 7 minutes, et qui a provoqué l’alarme et la consternation générales, car les temples étaient à ce moment-là remplis de fidèles pour la grand-messe… ».
Ses conséquences sur la Cathédrale, le jour de la Toussaint 1755, sont décrites dans l’édit que le Chapitre fit promulguer : … à la fin de l’hymne «Gloria in excelsis» de la grand-messe, un grand fracas secoua soudainement tout le pavement, les colonnes, les murs et les voûtes des deux temples, faisant crépiter toute leur machinerie, effrayant par le mouvement continu des tours, excédant la pondération, amplifié par la hauteur de ces dernières …
Le séisme a été ressenti dans la fabrique de l’Ancienne et de la Nouvelle Cathédrale de Salamanque et a suscité un effet de panique parmi les fidèles réunis à la grand-messe de la Toussaint, la cloche en arrivant même à sonner toute seule. Le tremblement de terre a principalement affecté la Coupole de la Nouvelle Cathédrale, le Cloître de l’Ancienne Cathédrale et la Tour des Cloches. En dépit de l’intensité du séisme, ce dernier n’a pas fait de victimes.
D’autres constructions et structures affectées par le séisme ont été le clocher à jour du Colegio de San Bernardo, la coupole et les tours du Colegio de la Compañía de Jesús, l’Église de San Sebastián et les moulins à eau du Río Tormes.